Il Centro interuniversitario di Studi francescani è stato istituito con sede amministrativa nell'Università degli Studi di Perugia nel giugno 1988, dopo che, per alcuni anni aveva svolto la propria attività come Centro di Studi francescani.

Le sedi universitarie consorziate sono Perugia, Chieti, L'Aquila, Macerata, Milano, Napoli "Federico II", Padova, Roma Tre e Verona. Direttore del Centro è attualmente il prof. Luigi Pellegrini ordinario di Storia Medievale presso l'Università degli Studi di Chieti.

Il Centro ha per fini costitutivi il coordinamento di attività di ricerca e di didattica nell'ambito degli studi francescani e della storia religiosa basso medievale e annualmente promuove un Seminario di formazione in Storia religiosa (secoli XIII-XV) per giovani studiosi italiani e stranieri, oltre ad organizzare un Convegno di studi in collaborazione con la Società internazionale di studi francescani di Assisi.